李神轨,袭父爵陈留侯。初任给事中,后迁员外常侍、光禄大夫。数次出征,颇有将领的气度。孝昌中,受到胡太后宠遇,势倾朝野。当时传说李神轨与郑俨二人都与胡太后有私情,其中原委无人知晓。李神轨累迁征东将军、武卫将军、给事黄门侍郎,常领中书舍人。当时相州刺史、安乐王元鉴占据相州叛乱,朝廷诏令李神轨与都督源子邕等讨平。武泰初,蛮帅李洪扇动诸部落,从伊阙以东,直到巩县,大多被叛蛮劫掠。朝廷诏令李神轨为都督,平定叛乱。等到尔朱荣进军洛阳,李神轨再次任大都督,率军抵御尔朱荣。李神轨出镇河桥,后来北中城被攻陷,李神轨于是退还。不久李神轨与百官在河阴等候尔朱荣处置,被杀。建义初,朝廷赠李神轨侍中、骠骑大将军、司空公、相州刺史,谥曰烈。