光绪年间，林孝恂的家境逐渐式微。年轻的林孝恂以西席谋生。但林孝恂聪颖过人，勤奋好学。
光绪十五年（1889年），林孝恂中己丑科考取二甲111名进士，被授翰林院编修一职。
光绪二十五年（1899年）至三十一年（1905年）间，林孝恂三任石门知县。林孝恂在石门县任期内，鼓励农桑，兴办教育，奖拔寒门学子，士林德之。
光绪二十八年（1902年），林孝恂改传贻书院为石门县学堂，实开创新学之始。
清亡后，林孝恂客居沪上，投股商务印书馆以助力现代出版事业。
民国三年（1914年），林孝恂携孙女林徽因移居北京前王公厂，与长子林长民同住，仅三月，即因病去世。
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