弱冠时，孔闻韶被召至阙下，美风仪。明孝宗面赐玉带、麒麟服，人咸荣之。少傅李东阳名重海内，孔闻韶娶其女为妻。
弘治十六年（1503），袭封衍圣公。
弘治十七年（1504），新庙建，规制逾旧，明孝宗遣大学士李东阳祭告，御制碑文勒石。
正德元年（1506），明武宗视学，召孔闻韶任分奠官，命坐彝伦堂听讲，赐宴礼部，赐衣带、宝镪。
正德二年（1507），入贺，赐御制回文诗。
正德三年（1508），孔闻韶上奏朝廷：孔氏税粮，在成化年间曾恩免三分之一，今圣裔贫困者甚多，乞尽蠲免。获准。同年，又以尼山、洙泗书院及邹县子思书院，每年各有祀事，无人主持，奏请其弟孔闻礼主之。后授孔闻礼五经博士，专主子思书院祀事。奏准尼山、洙泗两书院各设学录一人，推荐孔族中贤者充任。
正德五年（1510），入贺，妻子生病，命太医诊治，赐上尊珍馔。夫人以归宁卒于京邸，诏遣官谕祭，驿归其丧，赙给甚厚。明武宗两次视学，皆驿召孔闻韶观礼，而常赐外加赐金织麒麟绯服一袭及冠带各一，以示优异。每值万寿圣节，奉表入贺，即使患疾，也强撑病体前来。
正德六年（1511），山东盗起，孔闻韶与山东巡抚赵璜、佥事潘珍奏准将曲阜县城从旧县迁至阙里周围，以城卫庙，没有批准。
嘉靖二十五年（1546），卒，子孔贞干袭。
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