弘治初，再迁四川按察使。马湖土知府安鰲恣淫虐，土人怨之刺骨，有司利其金置不问，迁延二十年。佥事曲锐请巡按御史张鸾按治，钟赞决，捕鰲送京师，置极刑。安氏自唐以来世有马湖，至是改流官，一方始靖。历江西、福建左、右布政使。

十一年擢右副都御史，巡抚顺天。整饬蓟州边备，建议增筑塞垣。自山海关西北至密云古北口、黄花镇直抵居庸，延亘千余里，缮复城堡二百七十所，悉城缘边诸县，因奏减防秋兵六千人，岁省挽输犒赉费数万计。所部潮河川去京师二百里，居两山间，广百余丈，水涨成巨浸，水退则坦然平陆，寇得长驱直入。钟言：“关以东三里许，其山外高内庳，约余二丈，可凿为两渠，分杀水势，而于口外斜筑石堰以束水。置关堰内，守以百人，使寇不得驰突，可免京师北顾忧，且得屯种河堧地。”兵部尚书马文升等请从之。比兴工，凿山，山石崩，压死者数百人。御史弋福、给事中马予聪等劾钟。巡抚张?亘等请罢役，不听。未几，工成，侍郎张达偕司礼中官往视。还言石洞仅泄小水，地近边垣多沙石，不利耕种。给事中屈伸等劾钟欺妄三罪，诸言官及兵部皆请逮钟。帝以钟为国缮边，不当罪，停俸三月。

正德元年，由巡抚贵州召督漕运兼巡抚江北。明年就进右都御史。苏、松、浙江运舟由下港口及孟渎河溯大江以达瓜洲，远涉二百八十余里，往往遭风涛。钟言：“孟渎对江有夹河，可抵白塔河口。旧置四闸，径四十里。至宜陵镇再折而北，即抵扬州运河。开浚为便。”从之。改掌南京都察院，就迁刑部尚书。四年冬，加太子少保兼左都御史，掌院事。

五年春，湖广岁饥盗起。命钟以本官总制军务，陕西、河南、四川亦隶焉。沔阳贼杨清、丘仁等僭称天王、将军，出没洞庭间。围岳州，陷临湘，官军屡失利。钟及总兵官毛伦檄都指挥潘勋、柴奎，布政使陈镐，副使蒋升击破之于麻穰滩，擒斩七百四十余人，贼遂平。初，钟掌院事，刘瑾方炽。及瑾诛，言官劾钟徇瑾挞御史。朝议以钟讨贼，置不问。

时保宁贼蓝廷瑞自称顺天王，鄢本恕自称“刮地王”，其党廖惠称“扫地王”，众十万余，置四十八总管，延蔓陕西、湖广之境。廷瑞与惠谋据保宁，本恕谋据汉中，取郧阳，由荆、襄东下。巡抚林俊方议遏通江，而惠已至，攻陷其城，杀参议黄瓒，佥事钱朝凤等遁去。适官军自他郡还，贼疑援兵至，亦遁。俊益发罗、回及石硅士兵助朝凤进剿，参议公勉仁亦会。龙滩河涨，贼半渡，罗、回奋击之，擒斩八百余人，坠崖溺水甚众。俊复遣知府张敏、何珊等追之，获惠，余众奔陕西西乡。钟乃下令招抚，归者万余人。既而贼收散亡，陷营山，杀佥事王源，纵掠蓬、剑二州。

钟赴四川，与俊议多不合，军机牵制，贼益炽。已，乃檄陕西、湖广、河南兵分道进，湖广兵先追及于陕西石泉。廷瑞走汉中，都指挥金冕围之。陕西巡抚蓝章方驻汉中，廷瑞遣其党何虎诣章，乞还川就抚。章以廷瑞本川贼，恐急之必致死，陕且受患，遂令冕护之出境。廷瑞既入川，求降，钟等令至东乡听抚。贼意在缓师，迁延累月，依山结营，要求营山县或临江市屯其众，遣官为质。钟令汉中通判罗贤入其营。本恕来谒，约既定，会官军有杀其樵采者，贼复疑惧，遂杀贤，剽如故。官军为七垒守之，贼不得逸，其党渐溃。廷瑞以所掠女子诈为己女，结婚于永顺土舍彭世麟，冀得间逸去。世麟密白钟，钟授方略使图之。及期，廷瑞、本恕暨其党王金珠等二十八人咸来会。伏发悉就擒，惟廖麻子得脱。其众闻变，惊溃渡河。钟遣兵追击，俘斩七百余人，以功进太子太保。

未几，廖麻子及其党曹甫掠营山、蓬州。七年，总兵官杨宏，副使张敏、马昊、何珊等合击之。贼势蹙，钟乃议招抚。敏以单骑诣甫营，甫听命，遂赴军门受约束，归散其党。而麻子忿甫背己，杀之，并其众，转掠川东。官军不敢击，潜蹑贼后，馘良民为功，土兵虐尤甚。时有谣曰：“贼如梳，军如篦，土兵如剃。”巡按御史王纶、纪功御史汪景芳劾钟纵兵不戢。纶复奏钟乐饮纵游，致贼自合州渡江陷州县。诏召钟还，以彭泽代，钟遂乞归。嘉靖三年卒，谥襄惠。

洪钟晚年退隐回籍，在西溪故地建别业，世称洪钟别业，由宅院（三瑞堂、归舣居、香雪堂、沁芳楼等）和书院（竹清山房、清平山堂、萝荫阁、抱月轩等）等建筑组合而成，环境幽美，景色宜人。