1953年他从北京大学化学系毕业时，已初具扎实的专业基础和相当的外语水平，被分配到中国科学院石油化学研究所（即今大连化学物理研究所），从事催化剂剖析和表征工作。1956 年被调入中国科学院化学研究所，曾任研究实习员、助理研究员、副研究员、研究员。他从事结构化学工作40余年，实现了毕生献身科研的宿愿，是中国单晶结构研究的开拓者和学术带头人之一。
傅亨到化学所后的第一项工作是创建实验室。他在唐有祺教授的指导下，不但从无到有建立了X光实验室；安装、调试X光机及相关设备，而且努力将全部仪器尽快投入使用。在此期间，从事了多晶粉末的物相分析与单晶的晶体结构分析等工作。
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