冯子琮性聪敏，涉猎书传。北齐孝昭帝时期（560年），高演任他为军府法曹，摄库部。高演曾阅簿领，试令口陈，冯子琮暗对，无有遗失。冯子琮妻，高湛胡皇后之妹。迁殿中郎，加东宫管记。又奉别诏，令和胡长粲辅遵太子，转为庶子。

天统元年（565年），武成帝高湛让位给儿子高纬（后主）后，出任给事黄门侍郎，兼主衣都统。武成帝住晋阳旧殿，后主没有其他的宫殿，冯子琮奉命监督建造大明宫。宫殿完成，武成帝亲自巡查，发现宫殿不够宏丽。冯子琮说：“至尊年幼，承继大业，应以节俭治国，以示万邦。”武成帝称赞他。

天统四年十二月初十日（569年1月13日），武成帝驾崩后，左仆射和士开秘不发丧。冯子琮担任和士开与赵郡王高叡、临淮王娄定远不和，颁布伪诏下令高叡外任，剥夺娄定远禁卫兵权，然后发丧。

元文遥以冯子琮是武成胡太后的妹夫，可能导致胡太后干政，说服赵郡王高叡、和士开外任冯子琮任郑州刺史。胡太后为齐安王高仁弘纳冯子琮长女为妃。冯子琮申请休假，回到国都邺城，任吏部尚书，最终留在邺城。武平二年（571），出任尚书右仆射，联合琅邪王高俨杀害和士开。同年七月廿五日（571年8月30日），在内侍省被绞杀，虚岁四十三；十月廿二日（571年11月24日），安葬于西门豹祠西南十里。