冯恩幼年丧父，家境贫寒，由母亲吴氏抚育长大。冯恩刻苦学习，除夕无米且下雨，室内尽湿，冯恩仍然在床上读书，神情自若。

嘉靖五年（1526），考中进士，任行人。奉命慰劳两广总督王守仁，于是成为王守仁的学生。擢南京监察御史。按照惯例，御史有所执讯，不将案卷交给刑部，刑部定案后，不复牒报。冯恩请求刑部尚书仍报御史。诸曹郎喧哗，说御史是我的下属。冯恩说：“非敢然也。欲知事本末，得相检核耳。”得到刑部尚书的同意。冯恩巡视上江。指挥张绅杀人，立刻判处死刑。大计朝觐的官吏，南京御史台按例先纠。都御史汪鋐专权，请求如北京御史台，事情结束后，始许论列。冯恩与给事中林土元等上疏争论，得如故。

明世宗采纳阁臣的建议，分建南北郊，且欲令皇后蚕北郊，下诏廷臣各陈所见，而诏中屡斥异议者为邪徒。冯恩上言：“人臣进言甚难，明诏令直谏，又诋之为邪徒，安所适从哉？此非陛下意，必左右奸佞欲信其说者阴诋之耳。今士风日下，以缄默为老成，以謇谔为矫激，已难乎其忠直矣。若预恐有异议，而逆诋之为邪，则必雷同附和，而后可也。况天地合祀已百余年，岂宜轻改？《礼》：‘男不言内，女不言外’。皇后深居九重，岂宜远出郊野？愿速罢二议，毋为好事希宠者所误。”冯恩草疏时，自知可能受到重惩。于是上疏奏事，明世宗没有怪罪他，冯恩于是愈加振奋。

嘉靖十一年（1532）冬，彗星见，下诏求直言。冯恩以天道远，人道迩，于是历数大臣邪正：“大学士李时小心谦抑，解棼拨乱非其所长。翟銮附势持禄，惟事模棱。户部尚书许赞谨厚和易，虽乏剸断，不经之费必无。礼部尚书夏言，多蓄之学，不羁之才，驾驭任之，庶几救时宰相。兵部尚书王宪刚直不屈，通达有为。刑部尚书王时中进退昧几，委靡不振。工部尚书赵璜廉介自持，制节谨度。吏部尚书左侍郎周用才学有余，直谅不足。右侍郎许诰讲论便捷，学术迂邪。礼部左侍郎湛若水聚徒讲学，素行未合人心。右侍郎顾鼎臣警悟疏通，不局偏长，器足任重。兵部左侍郎钱如京安静有操守。右侍郎黄宗时虽擅文学，因人成事。刑部左侍郎闻渊存心正大，处事精详，可寄以股肱。右侍郎朱廷声笃实不浮，谦约有守。工部左侍郎黎奭滑稽浅近，才亦有为。右侍郎林庭㭿才器可取，通达不执。”而冯恩竭力论述大学士张孚敬、方献夫，右都御史汪鋐三人之：“孚敬刚恶凶险，媢嫉反侧。近都给事中魏良弼已痛言之，不容复赘。献夫外饰谨厚，内实诈奸。前在吏部，私乡曲，报恩雠，靡所不至。昨岁伪以病去，陛下遣使征之，礼意恳至。彼方倨傲偃蹇，入山读书，直俟传旨别用，然后忻然就道。夫以吏部尚书别用，非入阁而何？此献夫之病所以痊也。今又遣兼掌吏部，必将呼引朋类，播弄威福，不大坏国事不止。若鋐，则如鬼如蜮，不可方物。所仇惟忠良，所图惟报复。今日奏降某官，明日奏调某官，非其所憎恶则宰相之所憎恶也。臣不意陛下寄鋐以腹心，而鋐逞奸务私乃至此极。且都察院为纲纪之首。陛下不早易之以忠厚正直之人，万一御史衔命而出，效其锲薄以希称职，为天下生民害，可胜言哉！故臣谓孚敬，根本之彗也；鋐，腹心之彗也；献夫，门庭之彗也。三彗不去，百官不和，庶政不平，虽欲弭灾，不可得已。”明世宗得疏大怒，将冯恩打入锦衣狱，追查主使者的姓名。冯恩每日被拷打，数次接近死亡，但供词不变。只说御史宋邦辅曾经过南京，谈及朝政和诸大臣得失。于是将宋邦辅一起下狱，罢官。

嘉靖十二年（1533）春，将冯恩移入刑部大牢。明世宗欲坐以上言大臣德政律，将他置于死地。尚书王时中等进言：“冯恩上疏毁誉相半，非专颂大臣，宜减刑为流放。”明世宗愈加愤怒，说：“冯恩非专指孚敬三臣也，徒以大礼议故，仇君无上，死有余罪。时中乃欲欺公鬻狱耶？”于是罢免王时中的官职，夺去侍郎闻渊俸，贬谪郎中张国维、员外郎孙云为偏远之地的杂职，而冯恩判处死刑。长子冯行可时年十三岁，伏阙喊冤。他日夜匍匐于长安街，见冠盖者过，则攀舆号呼求救，但没人敢言。此时，汪鋐已任吏部尚书，而王廷相任都御史。以冯恩所坐未当，上疏请求宽恕，明世宗不听。

等到朝审，汪鋐作为主笔，东向而坐，冯恩独面向宫阙的方向下跪。汪鋐令士卒拽到西面，冯恩起立不屈。士卒呵之，冯恩怒叱士卒，士卒皆被吓住。汪鋐说：“汝屡上疏欲杀我，我今先杀汝。”冯恩骂道：“圣天子在上，汝为大臣，欲以私怨杀言官耶？且此何地，而对百僚公言之，何无忌惮也！吾死为厉鬼击汝。”汪鋐大怒说：“汝以廉直自负，而狱中多受人餽遗，何也？”冯恩说：“患难相恤，古之义也。岂若汝受金钱，鬻官爵耶？”冯恩历数其事，不停揭发汪鋐。汪鋐愈加愤怒，推案而起，想要殴打冯恩。冯恩声音愈厉。都御史王廷相、尚书夏言引用大体为缓解。汪鋐稍微停止，然犹署情真。冯恩出长安门，士民观者如堵。皆叹息说：“是御史，非但口如铁，其膝、其胆、其骨皆铁也。”因称“四铁御史”。冯恩的母亲吴氏击登闻鼓喊冤。没有回应。

嘉靖十三年（1534），冯行可上书请求代替父亲受死，不许。同年冬，事益急迫，冯行可于是刺臂血书上疏，自缚阙下，说：“臣父幼而失怙。祖母吴氏守节教育，底于成立，得为御史。举家受禄，图报无地，私忧过计，陷于大辟。祖母吴年已八十余，忧伤之深，仅余气息。若臣父今日死，祖母吴亦必以今日死。臣父死，臣祖母复死，臣茕然一孤，必不独生。冀陛下哀怜，置臣辟，而赦臣父，苟延母子二人之命。陛下僇臣，不伤臣心。臣被僇，不伤陛下法。谨延颈以俟白刃。”通政使陈经代他入奏。明世宗览奏后恻然，令法司再议。尚书聂贤与都御史王廷相商量，前所引律，情与法不相丽，宜用奏事不实律，输赎还职，明世宗不许。于是上言冯恩情重律轻，请求罚他戍边。得到允许。于是贬戍雷州。而汪鋐在两个月后也被罢官。

嘉靖十六年（1537），遇赦而还。冯恩居家，专为德于乡。

明穆宗即位，录先朝直言。冯恩年已七十余，到家拜大理寺丞，致仕。复从有司言，表彰冯行可为孝子。八十一岁时去世。