樊瑞是濮州人氏，早年曾作全真先生，学得一身妖法，善使流星锤，神出鬼没，人称混世魔王。他占据徐州沛县芒砀山，与八臂哪吒项充、飞天大圣李衮一同打家劫舍。
樊瑞三人在芒砀山聚集有三千兵马，扬言要吞并梁山泊，结果被朱贵探知，报于晁盖、宋江。史进主动请缨，率朱武、陈达、杨春下山征讨，却被项充、李衮的五百蛮牌滚刀手杀得大败，败退六七十里。宋江又亲自前来剿捕。随军而来的公孙胜见山上都是青色灯笼，知道其中有人会使妖法，便在山下摆下八阵图，辅以五雷天心正法。 樊瑞虽会妖法，但却不识阵势。他让项充、李衮攻阵，自己在外作法协助，结果大败而回。项充、李衮都被梁山军生擒。
项充、李衮被擒后，因宋江以礼相待，便投降梁山。二人表示愿意劝降樊瑞，并提出留下一人为质。宋江却将二人全部放回，并未留质。樊瑞见宋江义气深重，认为不可逆天行事，遂下山投降。公孙胜应宋江之请，收下樊瑞为徒，传授他五雷天心正法。
宋江继任梁山寨主后，命樊瑞与雷横一同把守山前第一关。
梁山排座次时，樊瑞排第六十一位，星号地然星（金圣叹本作地默星），担任步军将校。
两赢童贯时，樊瑞与李逵、项充、李衮一同率领五百步军，充当先头部队。
梁山受招安后，樊瑞随宋江南征北战，颇有战功。
征讨辽国时，樊瑞与李逵、鲍旭、项充、李衮一同率领五百牌手，将二十四部雷车推入辽军中军，协助宋军攻破太乙混天象阵。
征讨田虎时，樊瑞随孙立、朱仝镇守壶关。 后被征调到昭德城，与北军国师乔道清斗法，虽然不敌乔道清，但却为公孙胜来援争取了时间。而在简本水浒中，樊瑞出征前曾被封为副法真人。
征讨方腊时，樊瑞斩杀苏州守将邬福。 睦州之战中，南军国师包道乙用妖法在郑彪头顶变出一尊金甲神人，樊瑞则在关胜头顶变出一尊乌龙天将。乌龙天将战败金甲神人，郑彪也被关胜一刀斩于马下。
江南平定后，樊瑞作为幸存偏将，被封为武奕郎、都统领，“管军管民，省院听调”。 他不愿为官，便与朱武一同做了全真先生，云游江湖，去投公孙胜出家，以终天年。
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