方登峄是方拱乾之孙，方玄成（方孝标）之子。自幼过继给方兆及为子。工诗善画。16岁补县学生。后来出游京师、陕西、河南、湖南、岭南等地，受到各地知名人士的欢迎。康熙三十三年（1694年），被选授为贡生，授中书舍人，后迁工部都水司主事。俸虽薄，而好客，因此“座客常满”。凡是同乡人来京师者，“就之如归”。
康熙五十年（1711年），因戴名世《南山集》文字狱案受牵连。由于《南山集》作者戴名世曾引用过方玄成的《滇黔纪闻》，被认为“大逆”之言，而被捕下狱。康熙五十二年二月初七日（1713年3月3日）结案，戴名世处死，已经去世的方玄成开棺戮尸。方登峄同其子式济、兄云旅（玄成第三子）、云旅子世槱并妻子等均遣戍黑龙江。
方登峄等至黑龙江，安置在卜魁（今齐齐哈尔市）。居十余年，“冬无裘帛，或阅日不举火，洒然忘身之在难”。身处危苦之中，在莳花种菜之外，则读书吟咏，写有大量诗作，从不同方面、不同角度反映出清朝前期黑龙江的历史面貌。这期间，与其他流人，如《画沙集》的作者满族诗人讷尔朴、《古今图书集成》的原编者陈梦雷、程朱理学的崇拜者满族官员图尔泰，交往甚多
雍正六年（1728年，一作雍正三年）八月，方登峄卒于戍所。
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