时为范阳王的慕容德在建兴三年(388年)之前娶段季妃为妻,从时间上看,当是慕容德妻子儿女被苻昌杀死后娶的继室。段季妃和慕容德只有女儿没有儿子。
永康三年(398年),由于慕容垂的儿子惠愍帝慕容宝无能,后燕的大部分疆土陷于北魏之手,慕容德在山东称燕王,建立南燕政权。建平元年(400年)慕容德正式称帝,立段季妃为皇后。建平六年(405年)十月初十,慕容德去世后,侄子慕容超即位,尊段皇后为皇太后。太上二年(406年)九月,段太后卷入了北地王慕容钟、将军慕容法、段宏推翻慕容超的阴谋。同谋封嵩被捕,段太后由于害怕,向慕容超泄露了整个阴谋,慕容超很快平定了这场未遂政变。这是史书最后一次正式提及段季妃。
太上四年(408年)正月,慕容超赎回在后秦的母亲段氏,尊她为皇太后。说明可能这时段季妃太后可能已经不在人世了,但也有可能同时有两个太后;另说,根据《资治通鉴》“去燕太后段氏尊号,出居别宫”的上下文来看,可能是指慕容超已经将段季妃废黜驱逐,把太后位置换上了自己的母亲(但柏杨认为该文指的是后燕的段太后(慕容熙之母))。