早年经历
邓遵初任护乌桓校尉。元初元年（114年），度辽将军耿夔被免去职务，邓遵因是太后邓绥堂弟的缘故，所以朝廷才任命他接替耿夔担任度辽将军。
诛灭羌寇
元初三年（116年）五月二十五日，邓遵率领南匈奴单于和左鹿蠡王须沈以及一万骑兵，攻打在灵州的羌族先零部落首领零昌，杀死八百多人。
元初四年（117年）冬天，征西校尉任尚与骑都尉马贤大败先零部落首领狼莫，于是西河的羌族虔人部落一万一千人（《资治通鉴》作一万人）前往邓遵处投降，陇右地区得以平定。
元初五年（118年）冬，邓遵收买上郡羌族全无部落的雕何等人刺杀狼莫，朝廷赐封雕何为羌侯，封邓遵为“武阳侯”，食邑三千户。邓遵因是太后邓绥堂弟的缘故，所以爵位封赏多而优厚。自从零昌、狼莫死后，羌族各部落瓦解，三辅、益州地区再也没有羌族部落入侵的警报。
击破匈奴
元初五年（118年）春，匈奴逢侯单于战败（有争议，《后汉书》记载是被鲜卑打败，而成书更早的《东观汉记》记载是“邓遵破匈奴”），部众分散，于是率兵到朔方郡边关投降东汉，邓遵上书朝廷将逢侯单于迁到颖川郡居住。
征服鲜卑
元初六年（119年）七月，鲜卑军攻打马城要塞，杀死官吏。邓遵调集射手三千人，与中郎将马续率领的南单于骑兵、以及辽西、右北平兵马会和，出塞追击鲜卑，最终在漠北大破之，获其生口及牛、羊、财物甚众，后世称之为“邓遵、马续破鲜卑之战”。
永宁元年（120年）十二月，辽西鲜卑首领乌伦和其至鞬，各自率领部众向邓遵投降。
罢官自杀
建光元年（121年）三月，邓太后去世，邓遵被免去职位，朝廷再次以耿夔接任度辽将军。同年五月庚辰，邓遵受诬自杀。
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