洪武十三年（1380年）三月十日，明太祖命邓镇袭封申国公。
洪武十六年（1383年）八月，邓镇奉命以征南副将军率军征讨永新、龙泉等地山寇。
洪武二十年（1387年）正月，太祖诏令邓镇随宋国公冯胜北伐。
洪武二十一年（1388年）三月，蓝玉率军北伐，太祖仍令邓镇跟随。
洪武二十二年（1389年）三月，颍国公傅友德等回师，分驻湖广、四川诸卫所，以“休息士卒”、“控制蛮夷”。邓镇亦受命驻守大庸。
洪武二十三年（1390年），李善长以胡惟庸余党被杀，邓镇因为是其外孙女婿，也受到牵连被杀。
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