邓渊的祖父是前秦车骑大将军邓羌。淝水之战后，慕容垂起事反秦，其父邓翼被挟裹至邺城，遂居于后燕。北魏道武帝拓跋珪破燕后，邓渊降顺北魏，擢为著作郎，后出为薄丘令，入为尚书吏部郎，参与制定北魏早期的朝仪、律令、音乐的制定工作。又随拓跋珪出征平阳，以功赐爵汉昌子，改下博子，加中垒将军。
邓渊博览经书，长于易筮，又了解鲜卑旧事，因此，从为著作郎起的十年间，潜心将鲜卑人口耳传闻的《代歌》进行记录整理，并记注的拓跋珪事迹，写成记录拓跋部落“祖宗开基”、“君臣废兴”的一代国史——《代记》，保存了代国、北魏时期不少珍贵资料，于天兴六年被拓跋珪赐死，和跋因事被诛，邓渊的堂弟邓晖与其交好，和跋的子弟逃奔长安，降了后秦，风传邓晖为其提供了逃跑的机会，拓跋珪以邓渊知情不报，赐渊死，时人咸愍惜焉。
和跋之死另有隐情，子弟的叛逃也属于正常避祸，与邓晖有无关系很难确定，邓晖与邓渊又分族别居，而拓跋珪却因此杀了邓渊，理由非常不充分，后世的研究者认为邓渊之死非因和跋之事，而是著作《代记》时，有暴露拓跋部“旧恶”之嫌，得罪了拓跋珪，邓渊实为北魏“国史案”被杀的第一人。
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