陈翰馥1937年2月，陈翰馥生于浙江杭州，原籍浙江绍兴。
1948年，考入浙江绍兴县立中学，后入浙江省立绍兴中学。
1954年，被保送到留苏预备班。
1961年，毕业于苏联列宁格勒大学（现俄罗斯圣彼得堡国立大学）数学力学系。
1962年，跟随关肇直先生成立了控制理论室，成为中科院数学所新成立的控制理论研究室的首批成员。
1978年，参加了在赫尔辛基举行的第七届ifac（国际自动控制联合会）世界大会，并作了专题报告。这是中国自1964年以后第一次派代表团出席ifac世界大会。
1993年，当选为中国科学院院士。
1994年底，经中科院批准成立了系统控制开放研究实验室，陈翰馥任实验室首任主任。
1996年，当选为IEEE Fellow。
2003年1月23日，当选国际自动控制联合会执委。
2005年，当选为第三世界科学院院士。
2006年，当选为IFAC Fellow。
2013年6月，受聘为陈建功高等研究院的学术委员会主任。
2014年，当选为国际系统与控制科学院院士。
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