即大汗位

蒙哥在位时，阿里不哥驻守于大蒙古国首都哈拉和林，素来反对忽必烈的汉化政策。1259年8月11日蒙哥去世后。1260年初，忽必烈从蒙、宋前线匆匆北返抵达燕京。他在燕京附近驻扎了将近三个月。蒙哥汗亲征时留镇漠北的阿里不哥，竭力诱使忽必烈回到草地，好逼迫他就范，再名正言顺地登上大汗宝座。忽必烈则清楚地意识到，在阿里不哥鞭长莫及的情况下，自己在控制和调动进入汉地的蒙古军及汉军方面拥有莫大的优势与便利。因此他不肯轻易离开经营有年的中原而贸然北上。双方间使臣往返，交涉不断，矛盾日趋激化。1260年4月中，忽必烈拘禁阿里不哥派往燕京的心腹脱里赤，先发制人，在新筑成不久的开平城宣布即大汗位。1260年夏季，阿里不哥在哈拉和林被蒙古本土的贵族推举为大蒙古国大汗。双方遂展开激烈内战，历时四年之久。这次内战导致了蒙古内部的巨大分裂。当时的蒙古各大汗国中，钦察汗国、察合台汗国、窝阔台汗国都支持阿里不哥，唯有伊尔汗国支持忽必烈。阿里不哥失败后各大汗国纷纷独立。蒙古虽打下了巨大的土地面积，却没有了统一的政权。

与忽必烈的内战

1260年秋，阿里不哥兵分两路，大举南下。东路军由旭烈兀子药木忽儿、术赤后王合剌察儿统率，自和林逾漠南进。西路军由阿兰答儿统领，直指六盘山，意在接应从四川前线退屯该地的蒙哥攻宋主力，这支军队在蒙哥死后曾归阿速台节制，阿速台投奔漠北后，一直控制在阿里不哥的大将浑都海和哈剌不华手里。阿里不哥的左路军以宗王为帅，而且直接威胁汉地政治经济中心燕京，因此忽必烈亲自领军逆之，而以移相哥、纳邻合丹（当为合赤温孙）为其前部。移相哥军击溃药木忽儿和合剌察儿，阿里不哥难以继续立足和林，匆匆退到由他继承的拖雷分地吉里吉思。忽必烈大概是循帖里干道，顺利进至和林。其时约在当年初冬。当时和林城的残破或许相当严重，所以到达不久，忽必烈便南至汪吉河（今翁金河）冬营地，以为短期休整。阿里不哥生恐忽必烈乘胜追击，乃遣使假意求宥，并称待马力稍复，再赴阙谢罪。忽必烈深以汉地政局为念，遂留移相哥镇漠北，自己冒严寒逾漠南返。

南指六盘山的西路军虽为偏师，但它牵动川蜀关陕，使那里本已化险为夷的形势又紧张起来。原来早在廉希宪受命宣抚京兆、四川时，屯兵观望于六盘山的浑都海就企图联络阿里不哥遣往关中的刘太平、霍鲁怀及川蜀军中亲阿里不哥的将领发难。廉希宪当机立断，捕杀刘太平、霍鲁怀，以处于弱势的秦巩世侯汪家的军队拒阻浑都海，“但张声势，使不得东”。浑都海果然中计，“闻京兆有备，遂西渡河，趋甘州”，采取了“重装北归，以应和林”的下策。关陕之危竟得安然解脱。可是当阿兰答儿提兵与北归途中的浑都海会师之后，这支军队重又折返东向，并派人约结陇蜀诸将，一时“人心危疑”，朝士至有捐弃两川、退守兴元之议。两军兵锋初接，朝廷方面又先失利，遂愈使“河右大震”。这时候，忽必烈增派的诸王合丹（窝阔台子）、哈必赤（合撒儿子）等率师与汪惟良、八春等“合兵复战西凉，大败之，俘斩略尽”。阿兰答儿、浑都海被擒杀。关陇遂安。

中统二年二月，诏命燕京行省及各路宣抚使北上开平，会议军国大政。三月末，燕京省官毕集开平。中统二年夏

季，除检核钱谷、充实省部、擢用辅弼外，朝廷还为中央和地方官府制定了若干具体的行政条款，行政中枢既经调整扩充，更明确地分为两个班子，以史天泽、张文谦等人留中，王文统、廉希宪等行省事于燕。秋，又置大司农官，并置十道劝农使司，“为之使者，皆取于故国老人、君子长者，亲行田里，谕以安辑，教之树艺”。

溃败远遁的阿里不哥，歇息于吉利吉思；至1261年秋天，元气稍有规复，又举兵东来。他事先遣使向移相哥伪称率众来归，使移相哥疏于防备，因而突袭成功。移相哥大军溃散，和林城再次失守。十月，忽必烈率诸路汉军与蒙古诸王所部再度北征。两军相遇于昔木土脑儿之西，阿里不哥先因所部外剌军队溃败撤兵。待阿速台率领的后继部队赶到，阿里不哥回军再战。其右翼被击败，左、中两翼与忽必烈军鏖战至夜仍不分胜负。自是双方引军后退，相峙于大碛南缘。是年冬末，忽必烈师还，“诏撤所在戍兵，放民间新签军”（《元史·世祖纪一》）。形势似乎缓和下来。1262年，据守和林的阿里不哥因粮饷不继，而由他派往察合台兀鲁思的阿鲁忽又拒绝听命，截留他征集的货物，因此愤而移兵西讨阿鲁忽。阿里不哥自知一旦挥兵西指，和林终将不守，所以临行指令和林城诸长老，许其举城归降忽必烈军。阿里不哥西徙后，忽必烈所部果然不战而收复和林。

兵败

1262年冬，阿里不哥在击败阿鲁忽后驻营于阿力麻里。他肆行杀掠，伊犁河流域为之残破不堪。1264年春，阿力麻里大饥，军心愈亦涣散。阿里不哥计出无奈，被迫向忽必烈输诚。长达五年的汗位纠纷由此结束。这次纷争，客观上为蒙古军事贵族中主张“祖述变通”以“补偏救弊”的一派把统治中心从碛北移至漠南，从而更加便利于他们采纳汉法，加强对中原的统治，提供了一个适逢其时的契机。

1266年逝世。（或称是遭忽必烈毒杀。）